Gli inglesi consideravano gli acholi eccellenti guerrieri e perciò li reclutarono massicciamente (come fecero in Nepal con i gurka, in India con i sikh; o come gli olandesi in Indonesia con gli ambonesi), così che gli acholi divennero dominanti nell'esercito, e l'apparato militare coloniale plasmò una loro «identità etnica».

Da qui i semi per la guerra civile (come in India coi sikh e come in Indonesia con le Molucche). Alla vigilia dell'indipendenza, nel 1961, per opporsi alla supremazia baganda, gli altri gruppi etnici si unirono in un nuovo partito che elesse il langi Milton Obote.

Obote fu così nel 1962 il primo presidente dell'Uganda indipendente (ma c'era ostilità anche tra acholi e langi). Nel 1971 Obote fu destituito con un golpe dal suo delfino, Amin Dada, sostenuto dalle etnie nubiane e del Nilo occidentale: col nuovo potere la repressione infuriò sugli acholi e sui langi. Si calcola che sotto Amin Dada furono uccisi 300mila ugandesi.

Cacciato Amin Dada nel 1979, nel 1981 Obote riprese il potere, ma contro di lui si mobilitò la National Resistence Army guidata da Yowery Museveni, la cui base era costituita dalle etnie badanga. Durante la guerra civile furono uccise più di 500mila persone e furono commesse atrocità da entrambe le parti. Per eliminare la base di consenso di Museveni, Obote deportò 750mila contadini.

Nel 1983 gli acholi cominciarono a protestare contro Obote perché ritenevano di essere i più esposti in prima linea e i meno ricompensati: nel 1985 il comandate acholi Basilio Olara Okello prese il potere, Obote fuggì in Zambia, ma nel gennaio 1986 Museveni conquistò la capitale Kampala e Okello e le sue truppe si rifugiarono nella terra acholi.

Con Museveni il sud del paese conquistò il predominio sia politico sia militare per la prima volta dall'indipendenza e perciò si acuì la frattura tra nord e sud.